L’edificio fu realizzato dall’architetto Antonio del Grande alla metà del XVII sec. per volontà di Papa Innocenzo X, mosso da ideali di umanità e clemenza, per alleviare le condizioni disumane in cui vivevano i prigionieri, sostituendo le diverse prigioni sparse per la città e come contraltare della disumana corte dei Savelli. La costruzione delle carceri va interpretata come espressione della “Justitia Papalis”, che interviene con una struttura estremamente avanzata per quell’epoca.  

L’istituto di pena rimase in funzione sino al 1883, quando fu sostituito dal carcere di Regina Coeli, anche se continuò ad essere usato per la custodia preventiva e poi come carcere minorile fino al 1931. In seguito, divenne un Centro di Studi Penitenziari con biblioteca specializzata e Museo di Storia Criminale. Successivamente l’edificio fu sede dell’Istituto interregionale delle Nazioni Unite per la ricerca sul crimine e la giustizia (UNICRI).

Nelle sale e negli spazi dell’edificio si affiancano opere di altissimo valore storico-artistico nazionale, sottratte al patrimonio dello Stato illegalmente, recuperate all’esito di complesse indagini del Comando Carabinieri Tutela Patrimonio Culturale. Le opere esposte nella sede della DNA provengono in gran parte da scavi illegali, sovente controllati da gruppi mafiosi e da esportazioni illegali.  

Infine, grazie alla preziosa collaborazione con la Direzione Generale dei Musei del Ministero della cultura, sono esposti, in deposito temporaneo, preziosi reperti archeologici provenienti dal Museo nazionale romano, al fine di realizzare un’azione di valorizzazione del patrimonio storico artistico ed al contempo favorirne la pubblica fruizione.